Новые методы анализа эпигенома обошли прежний подход по скорости и цене
Исследователи разработали два метода изучения эпигенома отдельных клеток — dscNanoATAC и dscNanoCUT. Они позволяют анализировать около 5000 клеток за эксперимент, а подготовка образцов занимает меньше времени и обходится дешевле, чем при прежнем подходе. Результаты опубликованы в журнале Cell Discovery.
Методы помогают исследовать доступность участков ДНК и химические изменения белков, вокруг которых она упакована. Авторы объединили микрофлюидное устройство с технологией чтения длинных фрагментов ДНК: образцы распределяют по микрокаплям и маркируют, чтобы связать полученные данные с конкретными клетками.
Подготовку библиотеки для анализа примерно 5000 клеток удалось сократить как минимум с недели до одного дня. По расчетам авторов, общая стоимость эксперимента, включая секвенирование, уменьшилась примерно с 9915 до 1945 долларов. Оценки приведены для условий и цен, использованных в исследовании.
Технологию проверили на культивируемых клетках млекопитающих и ткани мозга мыши. С ее помощью исследователи различали клеточные типы и изучали особенности регуляции материнской и отцовской копий генов. Клиническую эффективность метода для диагностики или лечения авторы не устанавливали.
